มีหน้าที่ กำหนดวัตถุประสงค์ เป้าหมายและกำหนดเวลา กำหนดกลยุทธ์ วางแผนพัฒนา จัดทำโครงการและแผนงาน มอบหมายงานให้แนวทางและวิธีการ สนับสนุน แก้ปัญหา ตั้งตัวชี้วัด ติดตาม ตรวจสอบ รายงานความคืบหน้า และประเมินผลงานการทำงานมีมาตรฐานคุณภาพตามกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (สกอ. เดิม) และ ISO 9001:2015
การบริหารงานมี 2 เป้าหมายคือ
1.เป้าหมายงานประจำ คือ การทำงานมีคุณภาพ มีประสิทธิภาพ และประสิทธิผลสูงสุด มีสมรรถนะในการปฏิบัติงาน การทำงานเป็นทีม ให้ได้ปริมาณและเวลาตามเป้าหมายที่กำหนด
2.เป้าหมายงานพัฒนาระบบการศึกษาศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวีให้ได้มาตรฐาน ทันสมัย สร้างตลาดการศึกษาต่างประเทศให้ได้ตามที่กำหนดพัฒนาเจ้าหน้าที่ให้สามารถปฏิบัติงานได้ผลสำเร็จในการประกันคุณภาพตามเกณฑ์มาตรฐานแห่งชาติและสากลมีหน้าที่และความรับผิดชอบดังนี้
1 งานประกันคุณภาพการศึกษา
1.1 จัดทำระบบและกลไก เพื่อควบคุม ติดตาม ตรวจสอบ ประเมินผล และปรับปรุงพัฒนาการดำเนินงานจัดการศึกษาและการบริหารจัดการหลักสูตรระดับปริญญาตรี รวมถึงจัดอาจารย์ที่ปรึกษา
1.2 รวบรวมข้อมูลผลการดำเนินงาน ข้อมูลพื้นฐานทางสถิติการศึกษาของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี เพื่อรายงานแก่หน่วยงานซึ่งกำกับดูแลการศึกษา
1.3 สร้างความรู้ความเข้าใจเกี่ยวกับนโยบายทางการศึกษาของชาติ กฏหมาย ระเบียบ ที่มีความสำคัญต่อการจัดการศึกษาและการประกันคุณภาพการศึกษา
2 ระบบบริหารงานคุณภาพ ISO 9001:2015
มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
2.1 ควบคุม ติดตาม ตรวจสอบ แก้ไขข้อบกพร่อง และพัฒนาปรับปรุงการดำเนินงานของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวีให้มีคุณภาพและมาตรฐาน
2.2 ประสานกับหน่วยงานภายนอกเพื่อดำเนินการตรวจประเมินคุณภาพของระบบ
2.3 ประสานความร่วมมือ และสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการกับสถาบันการศึกษา หน่วยงานภาครัฐและเอกชนที่เกี่ยวข้อง ทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ
2.4 สำรวจข้อมูลความพึงพอใจของผู้ประกอบการที่มีต่อผู้สำเร็จการศึกษาและผู้ผ่านการฝึกอบรมจากศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี และการได้งานทำของผู้สำเร็จการศึกษา
2.5 ประสานงานทางธุรการกับสถาบันการศึกษา หน่วยงานราชการและเอกชน ในกิจกรรมด้านการประกันคุณภาพการศึกษา เครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการ และการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรี
3 มาตรฐานหลักสูตร
มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
3.1 จัดทำหลักสูตร ควบคุม ติดตาม ตรวจสอบ และสร้างความรู้ความเข้าใจใน การดำเนินงานของหลักสูตรการศึกษาระดับปริญญาตรีให้สอดคล้องตามเกณฑ์มาตรฐานหลักสูตรซึ่งกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม และกรมเจ้าท่า กำหนด
4 พัฒนา งานวิจัยและงานสร้างสรรค์ นวัตกรรม
มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
4.1 ปฏิบัติหน้าที่ฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการด้านงานวิจัยและงานสร้างสรรค์ ศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี สนับสนุน ติดตามและรายงานความก้าวหน้าโครงการวิจัยและนวัติกรรม
4.2 ให้ความรู้ด้านงานวิจัย สร้างสรรค์และ นวัติกรรมแก่อาจารย์และบุคลากร
5 งานแปรรูปเป็นองค์การมหาชน
มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
5.1 จัดทำร่างคำขอจัดตั้งศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวีเป็นองค์กรมหาชน (ว.15)
5.2 จัดทำข้อมูล แผนงาน กฎหมายและระเบียบ
5.4 การตั้งตัวชี้วัด ติดตามความก้าวหน้าการปฏิบัติตามแผนงานการประเมินผลสำเร็จของงานตามนโยบาย แผนบริหารและตัวชี้วัด
6.6 งานธุรการ
รับผิดชอบเกี่ยวกับงานธุรการทั่วไป