ระบบบริหารงานคุณภาพ ISO 9001:2015
มีหน้าที่รับผิดชอบ ดังนี้
           2.1 ควบคุม ติดตาม ตรวจสอบ แก้ไขข้อบกพร่อง และพัฒนาปรับปรุงการดำเนินงานของศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวีให้มีคุณภาพและมาตรฐาน
          2.2 ประสานกับหน่วยงานภายนอกเพื่อดำเนินการตรวจประเมินคุณภาพของระบบ
          2.3 ประสานความร่วมมือ และสร้างเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการกับสถาบันการศึกษา หน่วยงานภาครัฐและเอกชนที่เกี่ยวข้อง ทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ 
           2.4 สำรวจข้อมูลความพึงพอใจของผู้ประกอบการที่มีต่อผู้สำเร็จการศึกษาและผู้ผ่านการฝึกอบรมจากศูนย์ฝึกพาณิชย์นาวี และการได้งานทำของผู้สำเร็จการศึกษา
           2.5 ประสานงานทางธุรการกับสถาบันการศึกษา หน่วยงานราชการและเอกชน ในกิจกรรมด้านการประกันคุณภาพการศึกษา เครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการ และการจัดการศึกษาระดับปริญญาตรี